Trước năm 2020, Khoa Y học lâm sàng (YHLS) gồm có bốn bộ môn: Bộ môn Ngoại sản, bộ môn Nội nhi, bộ môn Phục hồi chức năng và bộ môn Điều dưỡng. Năm 2020, khi Trường có nhu cầu mở, tuyển dụng mã ngành Bác sĩ đa khoa, Phòng khám đa khoa của Trường nâng cấp lên thành Bệnh viện đa khoa Phạm Ngọc Thạch và khoa YHLS tách thành 10 bộ môn để phục vụ công tác đào tạo và điều trị thì Bộ môn Y học cổ truyền (YHCT) được thành lập.

Nhiệm vụ của Bộ môn

• Hiện nay Bộ môn đang tham gia xây dựng mã ngành Bác sĩ đa khoa để bắt đầu tuyển sinh vào năm học 2021-2022.
• Tham gia xây dựng đề cương môn học Y học cổ truyền cho mã ngành Bác sĩ đa khoa.
• Tiến tới xây dựng và thực hiện các khoá đào tạo cấp chứng chỉ ngắn hạn: cấy chỉ, xoa bóp cơ bản,…
• Tham gia nghiên cứu khoa học lĩnh vực YHCT để nâng cao chất lượng giảng dạy và điều trị cho bệnh nhân YHCT.
• Tăng cường hợp tác quốc tế và hợp tác đa ngành nhằm nâng cao vị thế của Bộ môn.
• Tham gia công tác điều trị bệnh nhân YHCT tại bệnh viện của Trường.